Selanjutnya, PPKM Mikro dilakukan melalui koordinasi antara seluruh unsur yang terlibat. Mulai dari Ketua RT/ RW, Kepala Desa/Lurah, Satuan Perlindungan Masyarakat (Satlinmas), Bintara Pembina Desa (Babinsa), Bhayangkara Pembina Keamanan dan Ketertiban Masyarakat (Bhabinkamtibmas), Satuan Polisi Pamong Praja (Satpol PP), Tim Penggerak Pemberdayaan Kesejahteraan Keluarga (PKK), Pos Pelayanan Keluarga Berencana Kesehatan Terpadu (Posyandu), Dasawisma, Tokoh Masyarakat, Tokoh Agama, Tokoh Adat, Tokoh Pemuda, Penyuluh, Pendamping, Tenaga Kesehatan, dan Karang Taruna serta relawan lainnya.
Untuk mekanisme koordinasi sendiri yakni pengawasan dan evaluasi pelaksanaan PPKM Mikro dilakukan dengan membentuk Posko tingkat Desa dan Kelurahan bagi wilayah yang belum membentuk Posko. Terhadap wilayah yang telah membentuk Posko agar lebih mengoptimalkan peran dan fungsinya. Khusus untuk Posko tingkat Desa dapat menetapkan atau melakukan perubahan regulasi dalam bentuk Peraturan Desa, Peraturan Kepala Desa dan Keputusan Kepala Desa.
Posko tingkat Desa dan Kelurahan menjadi Posko penanganan Covid-19 di tingkat Desa dan Kelurahan yang memiliki empat fungsi yaitu pencegahan, penanganan, pembinaan, dan pendukung pelaksanaan penanganan Covid-19 di tingkat Desa dan Kelurahan. Dalam melaksanakan fungsinya Posko tingkat Desa atau Kelurahan berkoordinasi dengan Satgas Covid-19 tingkat Kecamatan, Kabupaten/Kota, Provinsi, Tentara Nasional Indonesia (TNI) dan Kepolisian Negara Republik Indonesia (POLRI), disampaikan kepada Satgas Covid-19 Nasional, Kementerian Kesehatan dan Kementerian Dalam Negeri.
PPKM Mikro dilaksanakan bersamaan dengan PPKM Kabupaten/Kota yang terdiri dari Pembatasan tempat kerja/perkantoran dengan menerapkan Work From Home (WFH) sebesar 50% dan Work from Office (WFO) sebesar 50% dengan memberlakukan protokol kesehatan secara lebih ketat. Melaksanakan kegiatan belajar mengajar secara daring/online dan luring (offline) atau tatap muka, untuk perguruan tinggi/akademi dibuka secara bertahap dengan proyek percontohan yang ditetapkan dengan Peraturan Daerah
(Perda) atau Peraturan Bupati/Walikota, dengan penerapan protokol kesehatan secara lebih ketat.